En tanto, en el Torneo de Clausura 2004, la «U» quedó eliminada en cuartos de final ante Unión Española, por 2-4 en lanzamientos penales. No obstante, en 2004, con Héctor Pinto como entrenador, Universidad de Chile se tituló campeón del Torneo de Apertura 2004, luego de enfrentar en la final a Cobreloa: empataron 0-0 en Santiago y 1-1 en Calama, lo que obligó a una definición a penales, en la cual la «U» se impuso por 4-2. En el plantel resaltaron Johnny Herrera, Diego Rivarola, Sergio Gioino, Manuel Ibarra, Manuel Iturra, Arnaldo Espínola, Víctor Cancino, Miguel Pinto, Héctor Santibáñez, Nelson Pinto, entre otros.
