En la temporada 2006-07, el equipo perdió la categoría e incluso se llegaba a plantear su desaparición. Para la temporada de 2007-08, el Bayern hizo cambios drásticos de la escuadra para ayudar a reforjar y reconstruir al equipo. Después de fusionarse con el Münchner Sportclub en 1906, el Bayern se trasladó en mayo de 1907 al estadio del MSC, tercera equipacion barça 2023 el Leopoldstraße.
