La temporada 2003-04 fue la mejor del QPR en muchos años. En la temporada 2001-02 terminaron octavos en la Segunda División. Antes del encuentro en el Estadio de los Juegos Mediterráneos, al que acudieron unos 20.000 espectadores, se guardó un respetuoso minuto de silencio en homenaje a las víctimas del terremoto. Sin embargo en los cuartos de final cae derrotado frente al Atlético por 5-2 en el global, aunque hizo sufrir al equipo dirigido por el Cholo Simeone en la vuelta, empatando finalmente 2-2. En la parte institucional, el Club ha efectuado una nueva ampliación del Estadio Municipal de Ipurúa mediante el derribo y construcción de una nueva Tribuna Este, aumentando el aforo hasta los 7100 asientos.
